Der Unterricht der Sekundarstufe weist eine Struktur auf, die den veränderten Entwicklungs- und Lernbedürfnissen der Jugendlichen entspricht. Hier gibt es Lernbüros für die Fächer Deutsch, Englisch, Mathematik. Die Gesellschaftswissenschaften und die Naturwissenschaften werden epochenartig fächerübergreifend unterrichtet. Hinzu kommen weitere Fächer wie Garten, praktische Arbeit und wahlweise eine zweite Fremdsprache (französisch oder spanisch). Ein Tag (Mittwoch) ist dem „persönlichen Ausdruck“ gewidmet (Kunst, Werken, Filzen, Film, Theater, Sport, Schulband, Musik). In der Sekundarstufe wird die Montessori-Schule als Ganztagsschule geführt. Der Unterricht endet für alle Schüler*innen ohne zweite Fremdsprache an vier Tagen die Woche um 15 Uhr und am Freitag um 13 Uhr. Schüler*innen mit zweiter Fremdsprache haben täglich bis 15 Uhr Schule.